Die neuen Comic-Abenteuer der Turtles gehen weiter! Obwohl ihr Zuhause in der Kanalisation in Trümmern liegt, machen sich Leonardo, Raphael, Donatello und Michelangelo mit Caseyund April auf die Suche nach dem entführten Meister Splinter. Dieser muss sich in der Zwischenzeit alleine einem Feind aus einem anderen Leben stellen: Dem grausamen Shredder!